У проекта просел органический трафик с Яндекса в Google Analytics. В чём причина?

В идеале нужно 2 фильтра.
Дело в том, что когда переход с Яндекса падает в реферальный трафик - источник у него определяется как "yandex.ru". Если же канал определяется корректно и переход падает в органику - GA перезаписывает источник как "yandex"
Если вы настроите тот фильтр, который на вашем скрине - у вас станет верно определяться канал, но источник останется "yandex.ru". В этом случае при анализе отчетов возникнет неудобство - у вас трафик в органике разделится на "yandex" и "yandex.ru"
Чтобы этого не произошло - нужно вторым фильтром изменить источник с "yandex.ru" на "yandex", чтобы он склеился с теми, которые GA определил верно.
Кроме того, не забывайте, что в этих полях используются регулярные выражения, поэтому точку в вашем примере в поле источник нужно бы экранировать.
В идеале настройка будет выглядеть так:
первый фильтр - переводим канал в органику http://take.ms/cg0h3
второй фильтр - переводим источник в yandex http://take.ms/KziOI
И не забывайте про порядок фильтров - он важен